形成 

南宋是新安理学的形成时期。朱熹在世时，曾二次回婺源省墓，每次都逗留数月，从事讲学活动，阐述自己的思想。从学者很多，著名的有12人，即婺源的程洵、腾璘、腾珙、李季；绩溪的汪晫；歙县的祝穆、吴昶；休宁的程先、程永奇、汪莘、许文蔚；祁门的谢琎。朱熹去世后，其门人、弟子或是朱熹学友，均以研习传播朱子理学为己任。这一时期的新安理学家环护在朱熹周围，精研性命义理之学，重在阐发“朱子之学”的学派宗旨。表现在秉承朱熹的四书章句之学，致力于对儒家“四书”的研究；受朱熹重易学的影响，新安理学家大多用心于易学；传承光大朱熹理学。学宗朱熹、发扬光大朱子理学是当时新安地区的普遍学风。

发展 

元代为新安理学的发展时期。代表人物有婺源的许月卿、胡允、胡一桂、程复心、胡炳文；休宁的程若庸、吴锡畴、黄智孙、程逢午、陈栎。这一时期的新安理学家大多是朱熹的二传、三传或四传弟子，在当时“朱子之学”渐趋晦暗难明之际，努力探寻朱学本旨，他们的治学重心虽有所异，却都致力于维护“朱子之学”的纯洁性。元代新安理学突出特点的是一方面推崇朱熹，固守朱学本旨，另一方面力排异说，维护朱学纯洁性。这对于新安理学的发展，乃至辉煌，起到积极作用。但也妨碍了正常的学术争鸣与学术创新，在某种程度上反而阻滞了朱子学的发扬光大。

鼎盛 

明代是新安理学的鼎盛时期。这一阶段又可分为前后两期，前期即元末明初和明代的新安理学家，不满足于一味地墨守门户，认为元代新安理学家死抱师门成说，层次太低，不利于发扬、光大“朱子之学”，他们致力于学风的转变，力倡独立思考、惟真是从的新学风。提出“求真是之归”的口号，即要求真正明了“朱子之学”的真谛，而不是人云亦云，附声唱和。因此，出现了朱升“旁注诸经”发明“朱子之学”，郑玉、赵汸“和会朱陆”弘扬本门宗旨的不同学术风格。

明中后期“陆（九渊）王（守仁）心学”成铺天盖地之势，这使“和会朱（熹）陆（九渊）”的新安理学家，有的能把握分寸，从而体现尊崇朱熹的学术倾向。有的学者如潘士藻、程文德等人未能把握分寸，背离本门宗旨，滑向“王（守仁）学”阵营，致使明后期的新安学派受到震动，但此时的徽州思想界仍然是程朱理学的一统天下，宗朱的理论特色并没有改变，但新安学派已潜伏着极大的思想危机。

终结

清初是新安理学的终结时期。明清之际，中国的思想界发生重大的学风转向，宋明义理之学在启蒙思想的冲击之下日暮西山。明亡之后，一批启蒙思想家深刻反省历史教训，普遍认为明朝的灭亡与宋明理学空谈义理心性、不务实事有关系，于是起而批判宋明义理心性之学，提倡经世致用的实学，在治学方法上注重考据。而清初文字狱的大兴则加速了这一学风的转变，盛行数百年的宋明理学终于为考据学所取代。徽州地区的学风在此背景之下也未能幸免于难，新安理学终被徽派朴学所取代。

首开新安学风转变的是婺源的江永和歙县的程瑶田，但他们只是新安理学向徽派经学演变过程中的过渡性人物，因为他们并未完全抛弃朱子义理之学。戴震等人在声讨“王学”声中，继承了明初新安学者“求真是之归”的口号，提出“求是”治经主张。在此学术思想指导下，又加上清初学术界由“宋学”转为“汉学”潮流影响，戴震终于成为新安学派的“叛逆”，走上了理学的反动道路。戴震及其学说的出现，“徽派朴学”的创立，宣告新安理学衰落。此后，新安理学便少有问津者。